Las clases de instructores son aquellas dictadas por Willy Sensei o alguno de los Shihanes (maestros) de mayor antigüedad para los cinturones negros del Dojo. En las mismas se eleva el nivel de exigencia y se prepara a los mismo para poder transmitir el arte a sus futuros alumnos.
Los ejercicios de destreza física son de vital importancia en el Ninjutsu enseñado en Bujinkan, ya que preparan el cuerpo para poder adaptarse a cualquier tipo de circunstancia.
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El entrenamiento con Tanto (cuchillo) suele realizarse en clase de Kyus (grados anteriores al 1er Dan) con madera, a partir de cinturón negro es común la incorporación de cuchillos de metal sin filo para el entrenamiento de Muto Dori.
Muto Dori: suele abarcar el entrenamiento donde una de las partes está armada y la otra desarmada o cuándo uno tiene una ventaja por sobre el otro.
Mu = Sin; To = Sable; Dori = Atrapar
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