Muchos se ven atraídos a las armas utilizadas en en Ninjutsu sin embargo, pocos conocen las que realmente utilizara el Ninja. Se han dado muchísimas confusiones impulsadas por la falsa imagen que han dado gran cantidad de películas occidentales. La principal confusión tiene que ver con las armas Okinawenses, como ser el Sai, el Nunchaku o las Tonfas, clásicas de la región de Okinawa, que nada tienen que ver ni son utilizadas dentro de la Bujinkan, escuela que desde el origen del Togakure Ryu en la zona de Iga en el Japón central ha desarrollado otros elementos, muy lejanos a la Isla pero que se ha dado una imagen distorsionada ya que para muchos filmes se utiliza solo deportistas marciales encapuchados, que nada saben del arte y solo revolean objetos.
Aquí algunos ejemplos de las armas tradicionales practicadas en las 9 escuelas de Bujinkan.
Katana 刀
Debido al carácter curvo de su hoja y a su único filo, la katana debe ser considerada realmente un sable. Como tal, está fundamentalmente orientada al corte más que a la estocada. Su curvatura única, no se debe a que el arma se haya concebido así desde su creación , sino se debe a cambios del acero al momento de enfriarlo en agua con sales especiales, es decir, durante el proceso de endurecimiento, la hoja de acero se cubre con arcilla y polvo de carbón, al sacar la hoja de la forja, ésta tiene una temperatura de 800 grados celsius, la capa de arcilla muy fina en el filo se enfría rápidamente lo que le proporciona su filo excepcional, contrario en el cuerpo del arma, el cuál está cubierto por una capa más gruesa de arcilla, esto hace que se enfríe lentamente conservando una mayor ductilidad, los cambios estructurales que tienen lugar durante el proceso de enfriamiento, curvan la Katana hasta darle su característica forma.
Kusarigama 鎖鎌
Generalmente para atacar con esta arma se hacia girar el omori sobre la cabeza y luego este se lanzaba contra el arma del oponente (lanzas o espadas generalmente) o para inmovilizar sus brazos o piernas. Esto otorgaba al usuario de la kusarigama una ventaja para poder avanzar contra su oponente golpeándolo con el kama. También se utilizaba el lado del omori para golpear a los oponentes directamente, causando heridas graves mientras se mantenía fuera del alcance del arma del oponente.
Kodachi 小太刀
Son tachis con longitud menor que 2 Shaku (60,6 cm) aproximadamente, sin embargo no es un wakizashi. Es uno de los sables tradicionalmente japonesas (Nihonto) utilizadas por la clase samurai del Japón feudal.
Ninjatō
El ninjatō (忍者刀), también conocido como ninjaken (忍者剣) o shinobi katana (忍刀), es el nombre más común del sable que un Ninja portaría. De acuerdo con el libro Ninjutsu History and Tradition de Masaaki Hatsumi estos sables tendrían cierta variedad de formas y tamaños. De cualquier manera, normalmente eran más cortos que la katana daito, tradicionalmente usada por el samurai del Japón feudal.
El ninjatō típico sería un wakizashi o espada corta con empuñadura y saya de katana, lo que inducía en el oponente un error de cálculo en cuanto al tiempo que requeriría desenvainar el arma permitiendo una técnica de battoujutsu más veloz de lo previsible. Además, su tamaño otorgaba frente a la katana cierta ventaja en el combate en espacios cerrados o pequeños. Además servía para disimular el arma (que podría servir para identificar a su portador como ninja) como un sable común. El espacio extra en la vaina podía ser usado además para guardar o esconder objetos pequeños.
Kyoketsu shoge
El Kyoketsu Shoge (lit. correr sobre el campo y las montañas) es una cuchilla de doble filo con otra cuchilla sobresaliendo de su lateral en un ángulo de 90 grados. Esta última está atada a una cadena o cuerda de entre 3 y 6 metros que acaba en un anillo de metal. Se cree que fue desarrollada antes de la más conocida Kusarigama.
Tekagi-shuko
Aunque muchas variaciones de esta arma existen, suele consistir en dos bandas de metal unidas por una o más correas de cuero, una ajustada alrededor de la palma y la otra alrededor de la muñeca o el dorso de la mano. La banda superior muestra una variedad no establecida de espinas, cuchillas y protuberancias punzocortantes, pudiendo ser usada con propósitos ofensivos y otras utilidades, así como la defensa (desarme y bloqueo).