Jiraiya (literalmente “Trueno Joven”), era el vástago de un clan poderoso de Kyushu.
Cuando la familia cayó en tiempos duros, él fue a la provincia de Echigo, y se convirtió en el jefe de una banda de asesinos y ladrones, para poner fin a la vida de quien para el y su familia era el causante de los males y la pobreza que acechaba a su familia.
Jiraiya aprendió la magia de los sapos gracias a un inmortal que residía en la Montaña Myoko, popularmente conocido como Echigo Fuji, pero con esto no pudo matar a su rival odiado, Sarashena, quien como dije antes era el hombre al que se le adjudicaban los males del clan Kyushu.
Jiraiya se enamoro y se casó con Tsunade, una mujer joven y bonita, que sabia la magia de las babosas. Tiempo despues, uno de los seguidores de Jiraiya, Yashagoro, empezó a aprender la magia de las serpientes, y acabo tomando el nombre de Orochimaru (Orochi significa `Monstruo serpiente’), y atacó a Jiraiya. Junto con su esposa, Jiraiya lucho contra Orochimaru, pero fueron envenenados por el veneno de la serpiente que Orochimaru dominaba y cayeron inconscientes. Afortunadamente, otro de los seguidores de Jiraiya, cuya vida Jiraiya había salvado una vez, los rescato.
Desde ese entonces se dije que Jiraiya estudio la forma de las artes marciales, creando así una nueva forma de supervivencia y ataques, mezclando sus conocimientos y usando también los conocimientos aprendidos en su tiempo como ladrón y asesino siendo uno de los primeros referentes del Ninjutsu, para poder derrotar a su jurado enemigo Orochimaru.